FF9のチョコボは「チョコ」という1羽だけ。チョコボの森でモーグリのメネから紹介され、ミニゲーム「ここほれ！チョコボ」でお宝を掘り、
「チョコボのお宝さがし」で世界中の宝箱を見つけながら進化していく。
進化すると浅瀬・山・海・空を移動できるようになり、行ける場所と手に入るものが増える。
ここほれ！チョコボの始めかた
- チョコボの森に入り、モーグリのメネからギサールの野菜をもらう。
- ワールドマップに出て、チョコボの足跡（チョコボの森のすぐ近く）の上でギサールの野菜を使い、チョコを呼び出す。
- チョコに乗ったままチョコボの森に入る。
一度この手順を踏めば、以降はメネに話しかけて「チョコと穴掘り！」を選び、60ギルを払えば何度でも遊べる。チョコに乗っていない状態で森に入ると遊べない。
チョコボの森以外でギサールの野菜を手に入れても、この手順は省略できない。
ルール
- チョコに乗って地面を掘り、埋まっているお宝（アイテムやギル）を探す。埋まっているお宝はつねに1個で、見つけるたびに次のお宝がどこかにセットされる。
- 掘ったときのチョコの鳴き声でお宝までの距離が分かる。お宝の真上を掘ると「深さ」が表示され、深さがゼロになるまで掘りつづけると発見。
- 制限時間は60秒（チョコボの入り江では30秒の場合あり）。時間内に4個目を見つけるとボーナスタイムに入り、残り時間が10秒延びる。合計70秒以内に8個見つけるか、時間切れで終了。
- 見つけたお宝には消費アイテムやアクセサリのほか、「チョコボのお宝さがし」に必要なチョコグラフとそのかけらが含まれる。
鳴き声とお宝の位置
操作
- 方向キーで走る。ボタンを押しながらだと歩く。
- □ボタンで地面を掘る。「掘った」と判定されるのはクチバシで突いた場所ではなく、チョコが立っていた場所なので、向きだけ変えて掘っても意味がない。
- 段差はフィールドアイコンが出る場所で○ボタンを連打して移動する。□ボタンでも移動できるが、まちがって地面を掘りやすい。フィールドアイコンが出る場所にお宝はセットされない。
- メネに料金を払ったあとの説明画面は「SELECT：始める」と出るが、□ボタンでも始められる。□を連打しておけば開始と同時に掘れる。
クチバシLvと進化状態
お宝を発見したり、時間内に8個掘り出したりするとポイントがたまる。累計が下の表の値に達するとクチバシLvが上がり、1回に掘れる深さが増える。
チョコが進化しても掘れる深さが増え、掘る動作も速くなる。クチバシLvはチョコボの森などでチョコに話しかけると確認でき、最高のLv99になると名前の右に星がつく。
掘る動作の時間はお宝を掘り出しているときの値。掘れる深さはチョコボの森での値で、入り江では2分の1、空中庭園では3分の1になる。
クチバシLvの成長に必要なポイント（累計）
クチバシLvを早く上げたいなら、浅瀬チョコボか山チョコボでチョコボの入り江に挑むと効率がよい。
掘り出せるお宝
お宝の種類は次の順で決まる。①まずチョコグラフを掘り出せるかどうかを「チョコグラフを掘り出せる確率」で判定。②チョコグラフでなければ、お宝のレベルを「お宝リスト」の確率で決定。③そのレベルのお宝の中から1つを等確率で選ぶ（デッドペッパーと、チョコが山チョコボに進化する前のギサールの野菜は、ほかの2倍の確率）。
貴重なものほど深い場所に埋まっている。
チョコグラフを掘り出せる確率
お宝リスト
- ポイントはチョコボの森での値。入り江では2倍、空中庭園では3倍になる。
- チョコグラフは全24種類、チョコグラフのかけらは全6種類。かけらを6個そろえるとチョコグラフ「霧の近海」が自動で手に入る。1回のプレイで見つかるチョコグラフとかけらは、それぞれ1個まで。
- かけらを入手できる個数はチョコの進化状態で決まる：陸チョコボは1個目まで、浅瀬チョコボは2個目まで、山チョコボは4個目まで、海チョコボ（ヒルダガルデ3号の入手後）は6個目まで。
- お宝が埋まる候補地は各マップに9ヵ所。候補地は帯状で、どこから出るかは毎回変わる。1回のプレイで同じ候補地から複数のお宝は出ないので、まだ掘っていない候補地を優先すると効率がよい。
ボーナスポイント
- 5秒内ボーナス：お宝を発見してから5秒以内に次のお宝を掘り出すと、1回につき5ポイント。
- チョコグラフ発見ボーナス：チョコグラフかそのかけらを掘り出すと5ポイント（どのマップでも5ポイントで固定）。
- リミットボーナス：制限時間内に8個発見すると、「（残り時間＋進化値）×マップ係数」のポイント。時間切れ寸前で表示がゼロでも、残り時間は「−1」として計算される。
- 4個発見後のボーナスタイム中は、獲得ポイントが2倍になる。これらのポイントもチョコボの森での値で、入り江では2倍、空中庭園では3倍（チョコグラフ発見ボーナスをのぞく）。
ポイントと交換できる賞品
メネに話しかけて「ポイントを交換する」を選ぶと、ためたポイントを賞品と交換できる。ポイントは99999までしかたまらず、超えたぶんは切り捨てられる。
ポイントとギルは交換できないが、フェニックスの羽と交換してショップで売れば、150ポイントにつき1000ギルになる。序盤の資金源に使える。
掘りかたのコツとマップ別の攻略
- 場所の見当がつかないときは、走りながら1秒に1回くらいのペースで掘り、鳴き声が変わる地点を探す。最初は広く、鳴き声が変わったらだんだん範囲をせばめる。短い間隔で掘りつづけるのはかえって非効率。
チョコボの森
- 移動できる範囲が広いので、リミットボーナスを取るのは難しい。基本は左右中央の位置を奥または手前へ進みながら掘る。奥の2ヵ所の候補地は左右に広いので、切り株の両脇や左奥も掘る。
- チョコが山チョコボ以上になると、左右の高台にもお宝がセットされる。高台へは約1秒かかるので、低地にお宝がないと確かめてから行く。左の高台は左手前、右の高台は中央奥あたりを掘ると見つけやすい。高台は左右で1ヵ所扱いなので、1回のプレイで高台のお宝は1回だけ。
- 山チョコボ以上でチョコボの森に挑むと、最初に掘ったときはお宝が近くにあっても鳴き声が変わらない。最初は同じ場所を2回掘る。
チョコボの入り江
- 浅瀬チョコボ以上で行ける。地面の固さは森の2倍で、お宝はより深いところに埋まっているので、クチバシLvを上げてから挑む。
- 初めて訪れたときはチョコが深み（マップの左半分）に入れず、「料金30ギル・制限時間30秒・ボーナスタイムなし・4個発見で終了」の特別ルールになる。スタート地点付近を掘り、反応がなければメネのいる場所より少し画面下側や、右下の道を確かめる。
- 海チョコボ以上になると深みに入れるようになり、ルールも森と同じになる。上下中央の位置を横へ進みながら掘ると位置を絞りやすい。
チョコボの空中庭園
- 空チョコボでしか行けない。2つの島を行き来することになり、反対の島へ移るだけで最低5秒かかる。地面の固さは森の3倍。
- 手前の島にお宝があるかは、スタート地点・橋の左端・右側の階段付近の3ヵ所を掘れば分かる。なければすぐ雲に下りて奥の島へ。奥の島では、雲から上がった斜面の上側と、右の階段を上がった先を掘る。
- 手前の島の左側から雲に下りたときは、島の左側をまわったほうが奥の島へのロスが少ない。橋の下を通るときは死角の出っぱりに引っかからないように。手前の島の左下から右上へは、橋を渡るよりいったん雲に下りるほうが早い。