リンドブルム（復興後）・黒魔道士の村

アレクサンドリアが襲撃されてから数日が過ぎた。ようやく意識を取りもどしたジタンは、仲間やシド大公とともに今後の計画を練る。一方ダガーは、故郷の惨劇を目の当たりにして深い傷を心に負っていた。

攻略手順

1. 客室で目覚める　客室を出ようとするとブランクとの会話になる。選択肢で「ダガーはどこへ行った？」を選ぶと、ブランク以外のだれかから「シドが大公の間で呼んでいる」と聞くまで大公の間に入れない（ドックの兵士、廊下②の兵士、会議室のスタイナーが教えてくれる）。「オレはどうしてここにいる？」を選べばそのまま大公の間へ行ける。前者を選んだときだけATE「世話焼きブランク」が見られる。
2. シドと会うため大公の間へ　強制ATEが2つ発生する。
3. ダガーの様子を見に客室へ
4. 3つの薬の話を聞く
5. 街で3つの薬を集める　ふしぎな薬は劇場街の劇場通りでシナから、きれいな薬は商業区の広場でアリスから、あやしい薬は劇場街のアトリエで自称芸術家のミケルから。集めているあいだはワールドマップへ出られない。ショップの品ぞろえや拾えるアイテムも以前と変わっているので、街を探索しておく。
6. 3つの薬をシドに使う
7. ブルーナルシスで出航する　強制ATE「取り立て」のあと、クイナが加わる（すでに仲間にしていた場合を除く）。以後はブルーナルシスのブリッジにいるシドと話せばパーティー編成ができる。ダガーはトランスゲージが消えてトランスできず、コマンドが4分の1の確率で失敗する状態になっている。物語が進めば治るので、当分はバトルに出さないほうがよい。
8. 黒魔道士の村に入る　ビビが離れ、合流するまでワールドマップへ出られない。ショップも宿屋も使えない。
9. ビビを追って墓場へ
10. ビビを追ってチョコボ舎へ　ビビが戻る。
11. クジャの隠れ家へ出発

宝箱・入手アイテム

その他のイベント・ミニゲーム

狩猟祭でジタンが優勝していると

客室で目覚めたあと、大公の間へ入る前に見張り塔②へ行くとダガーに会える。DISC1 の狩猟祭でジタンが優勝していたかどうかでセリフが変わり、会っていた場合はのちの会議室での会話にも影響する。

食い逃げクイナを救う

ATE「求道者」を見たあと、ブルーナルシスに乗る前に商業区の商店通りへ行くと、ピクルス代100ギルを払えないクイナの代わりに請求される。所持ギルが100以上なら払い、50〜99なら全額、1〜49なら全額払って残りをバクーへ、0ならバクーへ請求。50ギル未満のときだけ強制ATE「取り立て」が発生する。どの場合もクイナは仲間になる。

ブランクの伝言

ATE「世話焼きブランク」を見た場合のみ、見張り塔から下りてきたときにブランクと会話する。

寄り道エリア

アレクサンドリア城（崩壊後）

ブルーナルシスで港からアレクサンドリア城へ行ける。城内や右塔には入れないが、渡し舟で街へ行ける。船着場では新たなアイテムが拾える。

アレクサンドリア（崩壊後）

街のようすはすっかり変わり、拾えるアイテムも増えている。広場の少女からアレクサンドリアのカードがもらえ、店主に話しかければショップや合成屋が使える。小劇場ではロウェルに会える。はじめて宿屋を訪れるとカバオの仲裁が見られ、以後宿屋が使える。

エスト・ガザ

ブルーナルシスや海チョコボで行ける。ショップでミスリル製の装備品と消費アイテムが買える。ミスリル製の装備はこの先手に入りにくくなるので、いくつか買っておく。祭壇の司祭に100ギル払うと休憩できる。

ク族の沼（ラナール島）

3番目のク族の沼。カエルとりができる。

チョコボの入り江

ブルーナルシスの入手と、チョコの浅瀬チョコボへの進化が条件。新たなチョコグラフが掘り出せる。浅瀬・山チョコボのときはパームネル島に上陸して浅瀬づたいに、海チョコボ以上なら直接行ける。

トレノ

チョコを山チョコボ以上に進化させると行ける。オークションに新商品が2つ出品され、カードスタジアムでは4人から相手を選べる。

南ゲート（トレノアーチ・ボーデン駅）

トレノアーチには宝箱が3つあり、セーブモーグリのモスコが隠れている。ボーデン駅では以前のぼれなかったハシゴから荷台の宝箱が取れる。鉄馬車は停止していて使えない。

取り返しのつかない要素